Jordi Villà-Freixa
| Anàlisis |
|---|
https://link-springer-com.biblioremot.uvic.cat/article/10.1007/s00044-022-02951-6
La seqüència de la proteïna al PDB és
>5P21
MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAARTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQH
| Pots visualitzar la proteïna en aquesta finestra proveïda per Mol*: |
|---|
| | |
| Seqüència de la proteïna mostrant els elements d’estructura secundària |
| ## Estructura supersecundària |
|---|
| | |
| motiu | regio | imatge |
|---|---|---|
| β-hairpin | EDSYRKQVVIDGETCLLDILDT |
|
| P-loop / Walker motif | GAGGVGKS |
|
| motius β − α − β amb la fulla β tancada | SAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAARTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIR |
Es tracta d’una proteïna α/β, amb un plegament de tipus G-domain-like quin representant és PDB:1CTQ segons la clasificació a SCOP
| Estructura jeràrquica del domini al qual pertany PDB:5P21, representada a SCOP per PDB:1CTQ |
i de domini que forma part de la superfamília P-loop containing nucleotide triosephosphate hydrolases segons CATH.
Podem començar per cercar a PFAM el codi uniprot de la proteïna. Veiem que es tracta d’una proteïna amb un sol domini ben caracteritzat:
| Taula resum dels dominis PFAM per al PDB:5p21, UNIPROT: P01112 |
Podem aleshores explorar l’entrada per a aquest domini específic: PFAM: PF00071, i observem que es tracta d’una GTPasa. El domini concret Ras està altament distribuït, trobat en més de 1500 arquitectures diferents, vora 2000 espècies
L’estudi del logo HMM ens mostra una regió molt enriquida en glicines corresponent al P-loop, i també la gran conservació de la Treonina 35 del fitxer PDB (posició 31 en el logo HMM), que és essencial per a la coordinació de l’ió magnesi, que participa en la reacció GTPasa, com es pot apreciar en el centre actiu de la proteïna:
| Centre actiu de la proteïna PDB:5p21. S’aprecia que l’ió magnesi està coordinat per 6 àtoms d’oxigen: dos provinents de sengles molècules d’aigua, dos dels fosfats β i γ del GTP, un de la serina 17 i un altre de la treonina 35 (aquests dos residus, altament conservats en les posicions 13 i 31 del logo HMM). |
Altres residus altament conservats que s’aprecien al logo PFAM tenen tasques importants en l’activitat de la proteïna Ras.